Arrêts maladie, temps partiel thérapeutique et IFSE : ce qui change pour les agents

Le décret n° 2026-705 du 29 juillet 2026 instaure de nouvelles règles concernant les arrêts de travail et le temps partiel pour raison thérapeutique des fonctionnaires et des agents contractuels.

Parallèlement, le Département de l’Ain annonce une modification des conditions de versement de l’IFSE pendant certains congés pour raison de santé.

Ces mesures peuvent avoir des conséquences importantes sur les démarches administratives et la rémunération des agents. FO vous informe.

Temps partiel thérapeutique : une nouvelle procédure depuis le 1er août 2026

L’administration dispose désormais d’un délai maximal de 30 jours, à compter de la réception de la demande, pour se prononcer sur une première demande de temps partiel thérapeutique.

Toutefois, lorsqu’une demande intervient après un congé de longue maladie, un congé de longue durée, un CITIS ou une disponibilité pour raison de santé, la décision doit être prise au plus tard le jour de la reprise. Il en est de même pour une demande de renouvellement.

L’autorisation peut désormais être accordée, en une ou plusieurs périodes, dans la limite totale d’une année, sans obligation de renouvellement tous les un à trois mois.

Tout refus ou toute interruption décidée par l’administration doit être motivé :

- si la décision repose sur les nécessités du service, l’agent doit préalablement bénéficier d’un entretien et peut être accompagné par la personne de son choix ;
- si la décision repose sur un motif médical, l’avis préalable d’un médecin agréé est obligatoire.

Le contrôle systématique par un médecin agréé après trois mois de temps partiel thérapeutique est supprimé. L’administration conserve néanmoins la possibilité de demander un examen médical à tout moment.

Conseil FO : transmettez votre demande suffisamment tôt et conservez une preuve de sa date de réception par l’administration.

Arrêts de travail : de nouvelles contraintes depuis le 1er septembre 2026

Depuis le 1er septembre 2026 :

- une première prescription d’arrêt de travail ne peut normalement pas dépasser 31 jours ;
- chaque prolongation ne peut normalement pas dépasser 62 jours ;
- des dérogations médicales restent possibles en fonction de l’état de santé de l’agent ;
- les arrêts établis sur papier doivent utiliser le formulaire Cerfa sécurisé ;
- la prolongation doit, sauf exception réglementaire, être prescrite par le professionnel de santé ayant établi l’arrêt initial.

L’administration peut également organiser un contrôle administratif portant notamment sur la présence de l’agent à son domicile ou sur son lieu de repos lorsque l’arrêt comporte une obligation de présence.

Un refus de contrôle ou une absence injustifiée peut entraîner l’interruption de la rémunération jusqu’à la fin de l’arrêt.

IFSE : ce que prévoit le Département de l’Ain

Depuis le 1er mars 2025, pendant les trois premiers mois d’un congé de maladie ordinaire, le traitement indiciaire est versé à hauteur de 90 %. Selon les règles appliquées par le Département, l’IFSE suit cette évolution, puis passe à 50 % lorsque l’agent est placé à demi-traitement.

À compter du 1er septembre 2026, le Département annonce l’application des modalités suivantes pour les nouveaux congés accordés :

Congé de longue maladie ou congé de grave maladie

L’IFSE serait maintenue à hauteur de :

- 33 % pendant la première année ;
- 60 % pendant les deuxième et troisième années.

Congé de longue durée

Le versement de l’IFSE serait entièrement suspendu.

Dans la fonction publique territoriale, ces modalités ne s’appliquent pas automatiquement. Elles doivent être prévues par une délibération de la collectivité, après avis du Comité social territorial. Les règles de la fonction publique de l’État constituent le plafond que la collectivité peut retenir.

Une diminution importante de rémunération

Les conséquences financières peuvent être lourdes :

en première année de CLM, l’agent conserve 100 % de son traitement indiciaire, mais seulement 33 % de son IFSE ;
pendant les deuxième et troisième années, le traitement indiciaire et l’IFSE sont versés à hauteur de 60 % ;
en CLD, l’agent ne perçoit plus aucune IFSE.

Il est donc indispensable de vérifier les garanties de son contrat de prévoyance. Certains contrats couvrent uniquement le traitement indiciaire, tandis que d’autres prennent également en charge tout ou partie du régime indemnitaire.

La position de FO

Pour FO, la maladie ne doit pas conduire à une double peine : une dégradation de l’état de santé accompagnée d’une chute brutale de la rémunération.

FO demande notamment :

- une information individuelle, claire et anticipée des agents concernés ;
- une simulation précise des conséquences sur leur rémunération ;
- des dispositions transitoires protectrices pour les congés en cours ;
- l’absence de récupération rétroactive des primes déjà versées ;
- un renforcement de la participation de l’employeur à la prévoyance ;
- un traitement rapide des demandes de temps partiel thérapeutique afin de sécuriser les reprises.

Vous êtes confronté à un refus de temps partiel thérapeutique, à une interruption de votre rémunération ou à une diminution de votre IFSE ? Contactez FO avant d’engager vos démarches ou de contester une décision.

À cet effet, FO encourage les agents à souscrire une garantie de maintien de salaire adaptée à leur situation et couvrant, si possible, le traitement indiciaire ainsi que le régime indemnitaire.

Le Département de l'Ain participe au financement de cette protection à hauteur de 12 € bruts par mois maximum, sous réserve que le contrat souscrit soit labellisé. La liste des assureurs et des contrats labellisés est disponible en cliquant ici.

Références
Décret n° 2026-705 du 29 juillet 2026
Présentation des nouvelles règles sur Service-Public.fr